O diagnóstico de conservação do Museu Casa de Rui Barbosa consistiu num exame abrangente dos fatores ambientais que contribuem para a deterioração das coleções e da edificação, envolvendo a colaboração dos profissionais dedicados às questões arquitetônicas e à conservação e ao gerenciamento das coleções. A metodologia empregada apóia-se no "The Conservation Assessment: A proposed model for evaluating Museum Environmental Management Needs" elaborado pelo Getty Conservation Institute, observadas as características específicas do museu – casa, compreendendo as seguintes etapas:

:: Reuniões gerais da equipe com o objetivo de orientar o desenvolvimento do trabalho para integrar as diversas áreas envolvidas; visitas técnicas ao Museu, sala por sala, pelos museólogos / conservadores; pelo arquiteto conservador e pelo conservador / restaurador para avaliação do estado de conservação do acervo e do edifício, e identificação dos problemas acarretados pelas condições ambientais;

:: Levantamento fotográfico, elaboração de cadastros analisados, elaboração de fichas de compartimento (descrevendo as características arquitetônicas e construtivas de cada compartimento, bem como dos materiais que constituem o mobiliário e peças de acervo) e elaboração de fichas de acervo. (classificando artística e historicamente cada peça);

:: Elaboração do "mapeamento de conservação" do Museu para identificação das áreas mais vulneráveis.

:: Elaboração do relatório de diagnóstico geral indicando as diversas ações necessárias para melhorar as condições de conservação.