No âmbito do Plano de Conservação Preventiva, dois projetos se destacam:

:: Conservação Geral do Telhado
Após inspeção e levantamento dos pontos vulneráveis foi definida a colocação de uma subcobertura para minimizar as infiltrações decorrentes do dimensionamento insuficiente de calhas e do ponto baixo de alguns trechos da cobertura. A intervenção contemplou todos os telhados da construção principal do Museu, e as clarabóias e esculturas da platibanda foram restauradas. A obra do telhado além de beneficiar o edifício como um todo, melhorando a sua estanqueidade e contribuindo para preservar o seu tecido histórico e aumentando a segurança para as coleções nele depositadas, foi também uma medida preventiva imperativa após a realização de intervenções de restauro nos forros em estuque dos salões principais do Museu.

:: Reforma do Sistema de Drenagem
O sistema de drenagem superficial existente nos jardins da Fundação é composto por três linhas principais de tubulação assentadas sob as três vias longitudinais do jardim. As linhas são unidas por um trecho paralelo aos fundos do corpo principal do museu, sendo encaminhadas para o sistema público por uma única tubulação lateral à casa.

O diagnostico realizado constatou que o sistema de drenagem pluvial existente é ineficiente, e além de não responder às necessidades básicas de esgotamento das chuvas, promove a perda, por arraste simples, do solo (saibro) dos pisos das vias do jardim. Identificou-se ainda que alguns trechos da rede encontram-se em contra-declive e com pequeno recobrimento. Nos trechos onde foi possível a visualização da tubulação verificou-se a existência de manilhas cerâmicas.

 O projeto do novo sistema de drenagem de águas pluviais, definido a partir do diagnostico executado, também propõe três linhas principais de tubulação unidas próximo aos fundos do museu. Faz parte do projeto ainda uma nova linha de tubulação, paralela à fachada principal.Para amenizar o problema das caixas de passagem, foi proposta uma nova configuração para as caixas de captação da água com o objetivo de minimizar a entrada de areia na tubulação. Foi proposto ainda a modificação do sistema de coleta das águas pluviais da cobertura do Museu, de forma a conduzir a água diretamente para a rede de drenagem interna através de tubulações, e não de canaletas como ocorre hoje.