O acervo do Museu está ligado à biografia de Rui Barbosa e à forma de habitar da família no período entre 1893 e 1925. São peças de mobiliário, prataria, artes plásticas, cerâmica e porcelana, objetos decorativos, peças de roupa e de uso cotidiano. Está subdividido nas seguintes coleções, constituídas segundo sua natureza:

::  A Coleção Rui Barbosa (CRB) reúne os objetos que pertenceram a Rui Barbosa e sua esposa e inclui, como documento arquitetônico,  as peças que integram o palacete: mobiliário do jardim, pinturas murais e de teto e as luminárias de modo geral.

:: A Coleção Família de Rui (CFR) engloba objetos que pertenceram ao pai de Rui, aos filhos e aos netos do casal. São móveis e peças de uso pessoal.

:: A Coleção Objetos Relacionados a Rui Barbosa (COR) agrupa objetos que trazem a sua efígie ou o seu nome e configuram homenagens ao patrono.

:: A Coleção Reconstituição de Ambientes (CRA) reúne objetos adquiridos posteriormente, semelhantes aos originais que pertenceram à família ou à Casa: alfaias, luminárias, peças de mobiliário. 

:: A Coleção Objetos Diversos (COD) reúne objetos sem relação direta com a casa, a família ou Rui Barbosa, mas de interesse para o Museu, como, por exemplo, medalhas.

As informações gerais estão na base de dados Guia de Fundos/Coleções,  na  coleção Casa de Rui Barbosa, e detalhe das peças podem ser vistos na base Museu.