O Museu desenvolve atividades de pesquisa, preservação e educação, além de diversos projetos de integração com a comunidade e com escolas, como:

:: Visitas programadas
:: Encontros
:: Oficinas
:: Seminários e cursos
:: Publicações diversas
:: Atividades lúdico-recreativas para o público infantojuvenil

A atividade de pesquisa atua de modo interdisciplinar e estuda o conjunto arquitetônico tendo como referência os campos da museologia, arquitetura, urbanismo e arqueologia.

A de preservação, além do monitoramento e restauração sistemáticos de objetos, móveis e ambientes, promove ação especializada de alguns conjuntos, como o de indumentárias. As intervenções na edificação são orientadas pelo Plano de Conservação Preventiva do Museu Casa de Rui Barbosa

A de educação não só promove o atendimento sistemático a escolas em visita ao museu, como desenvolve projetos especiais voltados para públicos específicos.

O museu-casa integra o Conselho Internacional de Museus-ICOM, e promove, desde 1995, seminários bienais para o estudo, reflexão e debate de diferentes abordagens dessa tipologia, já em sua 7ª edição. Os anais desses seminários são encontrados em versão impressa e digital.